Yayasan SamarthyaMahorsaha Paramadharma mendirikan PTS di Pekalongan pada tahun 1981 dalam bentuk Sekolah Tinggi Ekonomi yang diberi nama Sekolah Tinggi Ekonomi Pekalongan dan disingkat STEKAL yang dipimpin ( Ketua ) Bapak Drs. Mulyatno Sindhudarmoko
STEKAL pada saat berdirinya belum memiliki kampus sendiri dan menempati Gedung Pertemuan Umum milik Pemerintah Kotamadya Pekalongan yang dikenal dengan gedung Sosietet. Namun pada tahun 1981 yayasan pusat didukung oleh yayasan cabang dan Pemerintah Kotamadya Pekalongan membebaskan tanah seluas 80.000 m2 di daerah Slamaran yang nantinya direncanakan untuk kampus terpadu. Melihat animo masyarakat yang besar terhadap lahirnya perguran tinggi di Pekalongan maka tahun 1982 Yayasan Samarthya pusat dan cabang mengembangkan Sekolah Tinggi Pekalongan menjadi Universitas Pekalongan dengan STEKAL sebagai Fakultas Ekonomi dan ditambah dengan Fakultas Hukum, Fakultas Perikanan sementara pada tahun 1984 kemudian didirikan Fakultas Pertanian. Fakultas Ekonomi Universitas Pekalongan tumbuh sebagai peningkatan dari Sekolah Tinggi Ekonomi yang lebih dahulu dibuka secara resmi pada tanggal 5 September 1981. Pada tanggal 19 Agustus 1994 Fakultas Ekonomi memperoleh kenaikan status dari status Terdaftar menjadi status Diakui dengan Surat keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 235/DIKTI/Kep./1994 tentang poemberian status Diakui Kepada Jurusan Manajemen Program Studi Manajemen untuk jenjang S1 pada Fakultas Ekonomi di Lingkungan Universitas Pekalongan.
Fakultas Ekonomi pada awal berdiri hanya memiliki Program Studi Manajemen, pada tahun 2001 bertambah satu program studi yaitu program study Akuntansi, kedua program studi tersebut telah terakreditasi oleh Badan Akreditasi Nasional-Perguruan Tinggi (BAN-PT), untuk program study telah terakreditasi 3 kali, pertama tahun 1998 dengan SK nomor 002/BAN-PT/Ak-II/1998 dengan nilai B dan diperpanjang tahun 2004 dengan SK-BAN PT nomor 016/BAN-PT/Ak-VII/S1/V/2004 dengan nilai B, dan yang terakhir dengan SK 007/BAN-PT/Ak-SURV/S1/VIII/2009 dengan nilai akreditasi B.
Program studi Akuntansi yang didirikan pada tahun 2001 telah terakreditasi selama 3 kali , yang pertama pada tahun 2006 terakreditasi C dengan SK nomor 026/BAN-PT/Ak-IX/S1/I/2006 , yang kedua pada tahun 2008 dengan SK nomor 033/BAN-PT/Ak-XI/S1/VIII/2008 dengan nilai akreditasi C dan yang terakhir pada tahun 2013 dengan SK nomor 227/SK/BAN-PT/Ak-XVI/S/XI/2013 denga nilai B.